玻璃杯可以放在微波炉中加热，但需要注意几个要点以确保安全：

1. 玻璃杯必须要是透明的、容量合适并且较为干燥的。如果是不透明的玻璃杯，无法观察内部加热的状态，容易破裂或引发危险。同时，过大的容量或不完全干燥的玻璃杯在加热过程中也可能破裂。

2. 加热时建议使用中低档火力，避免时间过长，以减少对玻璃杯的损伤和潜在风险。如果长时间高温加热，任何玻璃都可能因受热不均而破裂。虽然普通玻璃杯的耐热性较好，但长时间高温加热也可能导致玻璃软化变形。因此，建议控制加热时间并随时关注加热情况。

总之，为了确保安全和玻璃的使用价值，务必要按照规范使用微波炉和玻璃杯。同时在使用前检查玻璃杯的状况是否良好也是非常重要的。